A diferencia de las aplicaciones de chat para usuarios privados, las soluciones para empresas ofrecen una consola donde los administradores de la compañía pueden administrar a los empleados. Gracias a la alta flexibilidad de Threema Work, el servicio se adapta fácilmente a las necesidades de cada organización. En escenarios como BYOD, Threema Work (a diferencia de otras soluciones) ofrece la posibilidad de configurar la app sin necesidad de un sistema MDM. Threema Work combina opciones integrales de preconfiguración con una distribución de aplicaciones sencilla.
Todas las soluciones admiten la integración en los servicios de directorio. Los usuarios externos pueden unirse a Threema Work sin tener que completar un tedioso proceso de registro e incluso sin proporcionar un número de teléfono ni una dirección de correo electrónico. Además de eso, Threema Work también se puede restringir a un grupo cerrado de usuarios.
No ofrecer la posibilidad de archivar chats de usuarios en un servidor central (p. ej., con fines de cumplimiento) es una decisión deliberada de Threema Work porque, en teoría, permitiría al proveedor de servicios acceder al contenido de los mensajes, lo que, a su vez, haría que los beneficios de seguridad del cifrado de extremo a extremo quedaran totalmente invalidados.